La historia de Macross F toma lugar en el año 2059 (3 años depués despues de la última secuela, Macross Plus y Macross 7) a bordo de la 11° Macross Frontier colonizada por 10 millones de ciudadanos. Ranka Lee (Megumi Nakajima) se dirige al concierto de la idol Sheryl Nome en la red Macross Frontier, cuando se encuentra con una piloto llamada Alto Saotome. En la historia también aparecera el hermano mayor de Ranka, el veterano piloto Ozma Lee, junto a la nueva arma dentro de la historia, el VF-25.
El creador de Macross Shoji Kawamori colaborará con el estudio de animación Satelight (Macross Zero, Noein) y la compositora Yoko Kanno (Macross Plus, Cowboy Bebop) nos deileterá con sus hermosas canciones. Junya Ishigaki (Macross Zero’s Destroids, Noein) y Takeshi Takakura (Appleseed movies, Noein) contribuirán en el diseño de mecanismos.
